질문내용에 물어본것처럼,
납세자 본인은 원하는것을 스스로 하실 수 있습니다.
IRS는 제출된 기록을 토대로 검토하고, 납세자가 미납금이 있으면 계산해서 통지하기도 합니다.
제 개인적인 견해로는,
질문처럼 납세자 본인의 계획대로 하나씩 해서 마치는게 최선일까 하는 생각이 듭니다.
한국에서 재산 및 근로수입이 있는 미국 납세자를 클라이언트로 하는 오피스에,
본인의 케이스를 문의하셔서 진행하시는것도 고려해보면 좋을것 같습니다.
일반적으로 처리해주는 walk-in 오피스들은 복잡한 내용을 처리해 줄 수 있는지 한번 방문해서 물어보시면 좋을것 같구요, 온라인 텍스 소프트웨어는 본인이 어디에 무엇을 어떻게 넣어야 할지를 모르면 크게 도움이 되지 않는것으로 알고 있습니다.