질문이 어렵습니다. 정확한 상황 설명이 없이 답하는 것은 어려운 일입니다. 세금보고에 오류가 있다면 수정보고 하거나 혹은 IRS의 notice에 승복하고 세금을 추가로 더 내거나(돌려받거나) 하면 됩니다. 이미 편지를 받은 상태이므로 수정보고(1040X)를 할 수는 없습니다.
편지에 동의하면 돈을 모두 납부하시고 승복할 수 없다면 왜 승복할 수 없는지 사유서를 작성하여 제출하세요. 회사 내부적으로 오류가 있다면 회사 내부적으로 처리하고 책임과 돈 문제를 합의하세요.