만약 primary residential house에 방 2개를 rent 하셨다면, gross income ($1,000 = $500 x 2)에서 다른 비용 (rental portion of mortgage payment, property tax, home owner's insurance, HOA, repair, utility, etc.)을 뺀 net income을 schedule E을 작성하신 후에 Form 1040에 attach하셔서 보고하시면 됩니다.
그동안 누락된 Rental income은 지금이라도 Form 1040X를 file하셔서 수정보고하실 수 있습니다.
본인의 다른 income source를 고려해서 전문가의 도움을 받으시는 것이 좋을 것 같습니다.